公元2000年，南极发生了大爆炸，冰封的大陆在一瞬间融化，引起世界海洋水位上涨甚至海啸，淹没了地球上的很大一部分陆地，随后，内战、民族纷争、自然灾害接踵而来，人类因此灭亡了一半。这次灾难被称为“第二次冲击”（The Second Impact)。在圣经《创世纪》记载中，神用洪水毁灭一切生物，只是指示挪亚制造方舟带上一家人和地球上的部分生物以重建家园，这被称为“第一次冲击”。联合国对外界说是外星来的巨大陨石撞击，其实是葛城探险队在南极意外地发现了亚当（第一使徒）的胚胎，结果因故发生大爆炸。在TV版和剧场版中没有对此作完整的说明，TV版中讲到在南极出现的与EVA非常相似的“光之巨人”（第二使徒）是造成爆炸的原因，还有后来的南极爆炸时出现的巨大天使翅膀。在剧场版中出现了光之巨人失控展开两对翅膀发生大爆炸的画面。
发生这件事后，人们发现这些都和本世纪初在死海发现的神秘卷轴所记载的故事惊人地吻合，加上圣经中有关于最后审判日的预言、亚当的发现，都表明存在着“神”。在犹太教教义中，伊甸园中不只有亚当和夏娃，还有一个女神Lilith由于三角关系被逐出伊甸园，到地上和魔鬼撒旦生下了人类Lilin，而亚当的子孙就是“使徒”在死海卷轴中讲到人类最终要进化成为单体生物回归Lilith（第三次冲击），于是一个神秘组织因此建立，名为Seele，下有人工进化研究所、人类补完委员会等机构，从事亚当的研究，终于在2004年前成功地从亚当复制成功了人造的“神”------EVA，也就是德语的夏娃，用于收集人的灵魂。正在某大学生物系任教的冬月发现自己的一名学生碇唯在生物方面很有天才，便对其产生了兴趣，也注意到了一个人：唯的丈夫碇元度。其实唯是Seele的人，他们在进行一项人类进化的“人类补完计划”，这几人成了Nerv最初的成员，《新世纪福音战士》的故事也由此开始。
第7话：人类制造的东西（人の造りしもの）
——A HUMAN WORK
1995年11月15日初映
脚本：夏户洋可、庵野秀明
设计：杉山庆一、庵野秀明
演出：杉山庆一
作画监督：铃木俊二
由第二次浩劫引发的世界经济的混乱与崩溃，至2015年亦无法完全恢复。此时的日本经济。由于水位上涨，平野被淹没，工业生产的确是遭到了致命的打击。然而，国土复兴的工程所消耗的物资，简直就是天文数字，所以日本政府与民间企业，一直将吞食了大量资产的对使徒军事企业视为大敌，故始终都在寻找可替代NERV的廉价企业。除了政府外，也有许多其他组织看不惯NERV的（如第11话原因不明的大停电）。由于EVA对付使徒的效率不彰，而且常常造成重大的”灾害”，为此民间团体也推出了迎击使徒专用无人驾驶机器人JA。美里与律子也受到了邀请，律子对JA的设计及性能提出质疑，但是反被嘲笑EVA 的功能不佳，像个大玩具一样。美里猛踢衣柜出气，律子则静静的用打火机把说明书烧掉。在宴会后的试运转中，JA突然陷入了操作不能的状态，美里单身冒着JA炉心熔解的危险，进入JA内部关闭系统，但操作系统的密码，已被人删改。幸而在初号机的配合下，终于推出了JA的操作棒才幸免于难。这场看似意外的事件，美里心里也很明白，JA的暴走及被删改的程度，都是NERV所为。
赤木之所以会放心的让葛城去阻止JA，是因为她确信JA会在爆炸前恢复正常，因为结尾她说：“除了葛城一尉的行动外，一切都照剧本进行。”也就是说，没有葛城去阻止的话，JA一样会停止。葛城自己也说：“奇迹是被某人准备好的。”
人类制造的JA，以及美里用命作赌注去关闭它，是本集副标题A HUMAN WORK的两种含义。
第9话：心在瞬间重叠了（瞬间、心、重ねて）
——Both of You.Dance Like You Want to win！
1995年11月29日初映
脚本：萨川昭夫、庵野秀明
设计：通口真嗣
演出：水岛精二
作画监督：长谷川真也
刚到班上不久的明日香，成为了最受欢迎的人物。不过明日香对中学生没兴趣的样子，情书都被狠狠地踩一脚（便鞋上还要写名字？）。丽实在是对周遭的事陌不关心，明日香挡到她的光线，她竟只有移开一点， 头都不抬一下，明日香以挑衅的语气跟丽说：“好好相处吧。”丽竟然回答：“为什么？”“有命令我就会去做。”
在纪伊半岛海湾出现了持有分离合体功能的第七使徒，配合不协调的明日香与真嗣，立即遭到戏剧般的攻击。经分析，只有同时击中分离的两个使徒核才能消灭第七使徒。于是，美里将明日香亦领回家来与真嗣同住，并进行协调统一的特训。数日后在战场上，需要在62秒的音乐结束之前击溃使徒，两人配合完璧的“舞蹈”坚持至最后数秒时崩溃，但使徒已被消灭。
这一话就是有名的62秒战争，进行的节奏很快，音乐性很强，相当的精彩。与使徒作战时的BGM （背景音乐）已收入原创音乐CD的Vol.2里。跟随音乐，初号机与二号机舞蹈般的攻击感觉十分理想。此外，迎击要塞的系统与兵器也展现了不少，科幻迷也为之欣喜。在TV播放之前，曾作过录像处理，适当调整了时间速度，使临场感有所增加。
副标题是Both of You.Dance Like You Want to win！——想获取胜利，就需两人一起跳舞。
第11话：在静止的黑暗中（静止した暗の中で）
——The Day Tokyo-3 Stood Still
1995年12月13日初映
脚本：夏户洋司、庵野秀明
设计：摩砂雪
演出：渡边哲哉
作画监督：河口俊夫
在一次实验中，NERV本部的电力供应忽然中断，仅有的后备电力被用于维持MAGI系统。正当NERV处于一片混乱时，第九使徒由海岸登陆。与第三新东京市内的真嗣、丽与明日香，听到国联的警报后，努力寻找可到NERV的通道。同时，元渡他们用自己的手为EVA的发进作好了准备。三机发进后，联合作战成功地击毁使徒。
这次剧本所主要描写的，是受到来自人类阴谋破坏而陷入危机的NERV，与第七话有一定相呼应之处。作画系有不少新手加入，也尝试着加入一些与EVA 系列不同的作画手法。 导入部分从NERV职员们的日常生活开始，强调了作品的生活氛围。之后，对于日常（可使用电器的状态）与非日常（不能使用电器的状态）的描写，暗示人类社会是建立在脆弱的基础之上。
副标题的意思是“第三新东京市停止之日”。这个标题是从科幻电影《地球停止之日》置换而来。曾使用过类似标题的，还有横山光辉原作的《巨大机械人》。
第12话：奇迹的价值是（奇迹の价值は）
——She said，"Don't make others suffer for
your personal hatred."
1995年12月20日初映
脚本：萨川昭夫、庵野秀明
设计：摩砂雪
演出：石堂宏之
作画监督：重田智
美里被晋升为三佐，剑介他们特意搞了聚会庆祝。这时，在卫星轨道上出现了迄今为之最大的一个使徒，它的本体，在探测到NERV的位置后照准加速坠落下来。在源堂不在的情况下，美里制订了用EVA三机共同利用A · T ·FIELD抵挡的计划并取得成功。为此，源堂从南极发回了贺电，真嗣也因此找到了“ 乘坐EVA战斗的理由”。好不容易打赢了第九使徒，美里本来说要带三个小孩吃大餐，可惜天性懒散的她没钱了，最后被拖去吃路边摊拉面。这种安排其实比她们吃大餐要温馨得多，第一次看到丽与她们交际（吃大餐的话她就不去，因为她讨厌肉）。
从这一话里，可以发现“第二次浩劫”的可疑之处，而美里的过去，也随之慢慢地展现在观众面前。
副标题的意思是“不要因为你的个人恩怨导致别人受苦”。这句话是美里制订下与MAGI所不同的作战方案后，赤木律子在洗手间对美里所说的。
第14话：灵魂，魂之座（ゼ-レ、魂の座）
——WEAVING A STORY
1996年1月3日初映
脚本：庵野秀明
设计：庵野秀明
演出：大冢雅彦
作画监督：鹤卷和哉
人类补完委员会召开了特别召集会议，对NERV的成绩作总结。对于使徒侵入一事，碇源堂予以否认。与此同时，机体互换实验正在进行中。丽可顺利乘坐初号机，但真嗣却受到了来自零号机的精神污染。又一次陷入暴走状态的零号机，拼命地攻击观察室的窗户。这样的情形，在美里的心里引起了不少的疑问，但律子却对于暴走的原因予以保留。
上半集的片子，可以说是EVA全剧上半部分的总集篇，但也加入了不少新的情报。下半集中有不少发人深思的台词，近结尾时，零号机持着隆基亚斯之枪走向莉莉斯。于是，不少新的谜团又被引发出来。黑底白字的解说字幕，在系列中出现最多，分镜头也一样，可以说这一话的构成与编辑都做得十分辛苦。
副标题可以理解为“总集篇”。
第15话：谎言与沉默（嘘と沈默）
——Those women longed for the touch of
other's lips and thus invited their kisses
1996年1月10日初映
脚本：萨川昭夫、庵野秀明
设计：甚目喜一
演出：羽生尚靖
作画监督：铃木俊二
在京都的废屋里与一个奇怪的女性交谈后，加持良治依旧执行他对NERV的侦探工作。第二日，真嗣与源堂一起来到唯的墓前，明日香则去应付约会。晚上，美里、律子与加持一同参加了友人的结婚宴会，在回来的途中，美里向加持吐露了自己的心声。翌日，在进行间谍工作的加持被美里发觉，于是，加持将她带到了被NERV隐藏的莉莉斯面前。到了这个剧本时，美里与加持的关系已经很明了了。依旧思慕加持的美里，在她面前，友人们结婚的事实使她动摇。加持与谜之女性的密会以及在类似于脑与脊髓装置中的丽，为这一话增添了神秘色彩。
本话中分别有美里与加持、真嗣与明日香的接吻场面，当然性质是不同的。“那些女人强烈地渴望得到他人的亲吻”，这个副标题在全系列中是最长的。
第16话：导致死亡的病、而且（死に至る病、そしで）
——Spilitting of the Breast
1996年1月17日初映
脚本：山口宏、庵野秀明
设计：鹤卷和哉
演出：鹤卷和哉
作画监督：长谷川真也
在EVA的同步测试中，真嗣超越了明日香。因此，他信心百倍地去迎击出现的第十二使徒，结果被使徒的虚像所迷惑，落入了使徒本体的虚数空间。由于无法脱离，真嗣将生命维持系统打开，等待救援。十六小时后，生命维持到达限界，在模糊的意识中，真嗣似乎看到了母亲。另一方，律子打算牺牲真嗣来回收初号机，但使徒忽然被初号机撕裂开来。
这一剧本的重心，在于被封入虚数空间后真嗣唯物的自问自答。设计时采用了许多例如在黑底色上抽动的白线之类的抽象画面。“导致死亡的病”这一标题来自于丹麦思想家基尔肯格尔的著作。他反对当时的合理主义思想哲学，认为人应当在永远与时间、无限与有限、必然与自由、爱与憎之中寻求真正的自我，是20世纪的现实主义的先驱。
副标题是心理学用语，与第18话的副标题共同指代真嗣的不同精神状态。
第20话：心的容貌，人的容貌（心のかたち，人のかたち）
——WEAVING A STORY 2 oral stage
1996年2月14日初映
脚本：庵野秀明
设计：鹤卷和哉、庵野秀明
演出：大冢雅彦
作画监督：鹤卷和哉
同频率400%的真象，是真嗣的肉体与初号机融合的结果。经调查，真嗣已溶解于LCL之中。于是，律子忙着布置营救真嗣的计划，但似乎在十年前就已有过类似的营救计划失败。经过了一个月的时间，驾驶舱被打开，流得满地的LCL中，只有真嗣的作战服。而正当美里抱着真嗣的衣服痛苦万分时，真嗣的身体又复原了。两天后，加持与美里在旅馆中密会，加持将装有“最后的礼物”的胶囊，交给了美里。
沿续着前一话的内容，由EVA中真嗣的自我以及EVA以外的营救工作的两个方面同时进行。
最令人疑惑的是当玛亚向律子问及为何如此了解营救计划的过程时，律子的回答是“以前亦曾进行过，但失败了”。
营救出真嗣后美里与加持的密会中，加持给美里的胶囊里亦隐藏着不少秘密。而从加持的态度来看，似乎也有什么大事要发生……
本话对剧中人物心理的描写起到了至关重要的作用。
副标题是“总集篇2：口唇期”。 “口唇期”是心理学家弗洛伊德提出的理论，其意为“幼儿受乳时感到快感，所以会产生喜爱吮手指的反应”。
第21话： NERV、 诞生 （ネルフ、诞生）
——He was aware that he was still achild
1996年2月21日初映。
脚本：萨川昭夫、庵野秀明
设计：甚目喜一
演出：石堂宏之
作画监督：重田智
SEELE绑架了冬月，力图从他那儿了解NERV的真实情况。面对质问，冬月回忆起许多往事……1999年任大学讲师时初次见到碇元渡、2000年的“第二次冲击”、人口进化研究所、以前的学生、后成为元渡妻子的碇唯之死、赤木尚子博士的死亡与NERV的诞生……不久，冬月被加持救出，但加持……
叙述NERV的一些往事的这一剧本，看似为观众解答有关NERV的问题，但实质上却是设下了更多的谜团。
在这一话中，真嗣的母亲碇唯与律子的母亲尚子有出场，而且大家也可以看到元渡及冬月他们年轻时的样子。至此，除了剩下的三个使徒，EVA的相关人物已经全部出场过了。碇元渡之所以靠近碇唯，据说是因为唯的才能以及她身后的神秘组织SEELE。此外，原先讨厌元渡的冬月后来为何究竟会为何成为元渡的得力助手呢？……
副标题是“他被告知他仍是一个孩子”。在这一话的最后，面对听了加持电话留言而痛苦不已的美里，真嗣感到他自己“什么也做不了，什么也说不出，自己还只是个孩子”……
第24话 最后的死者 （最后のシ者）
——The Beginning and the End, or Knodkin' on Heven's Door
1996年3月13日初映。
脚本：萨川昭夫、庵野秀明
设计：摩砂雪、庵野秀明
演出：摩砂雪
作画监督：摩砂雪
第三新东京市，在多次经受使徒侵袭之后，到处是战斗遗留下来的废墟。在夕阳西沉的湖边，真嗣遇见了一位少年，他就是由SEELE送来的第五适格者－－渚薰。经过心灵的沟通，真嗣对这位少年产生了好感，但渚薰的真实面目却是第十七使徒。他带领着二号机，来到NERV地下的亚当处。但在追来的真嗣面前，他却要求真嗣将他杀死……
在系列节目的开始就设定了这个人型的使徒－－渚薰。据说原本打算早几话就让他出场的，但根据作角色设计的贞本义行先生的意思，想让这位角色显得更为珍贵一些。结果，虽然只是在一话中出场的配角，却在96年角川NEW TYPE读者人气角色排行榜中排在男性角色的第三位，由此可见角色设计的成功之处。
第二十四话中有关渚薰的画面设计，都是由副监督摩砂雪来作画，而真嗣的部分也由贞本义行来出马，在制作上也是下了较大力量的。
副标题是“开始与结束，敲击天国的大门”这句话意味着寻求死亡的渚薰。“开始与结束”可能是表示“生与死”。
好，先停一停，说说我凭什么会有这一段的假说。莉莉斯在剧中的地位应该是神，而非亚当的前妻。为什么呢﹖在剧中，我们听到很多角色（SEELE，冬月，律子）都有说到关於神的话。若剧中没有所谓的“神”的话，那么他们岂不是在讲废话﹖这是不可能的。那么，这就是说剧中必然有着这么一位“神”。那为什么是莉莉斯呢﹖相信这已用不着多说，除了莉莉斯不作第二人想。这是因为在The End of Evangelion 中，是她（她应该是女的）在回收所有的生命入黑色月亮而非其他人。
先说利益吧，老实说，我想不到他们会得到什么利益，因为，这应该不是利益的问题。想想，在The End of Evangelion 里面，当他们开始仪式的时候，他们一起整齐地说出了一些同样的话，仿彿在虔诚地唸经。那时，我就觉得毁灭世界早已成了他们的信仰（我在第二篇里也提到过）。若是信仰，就无怪他们一定要这样做。而且，在第三次冲击里，他们的灵魂也跟其他人一样被回收（合而为一）了。那么，他们又跟其他人有什么差别呢﹖所以，我的结论是，他们要引发第二次和后来的第三次冲击并非是为了什么利益，而是为了信仰﹔与其用核弹来毁灭，不如大家都回到黑色月亮，还能达致人心的补完。这就是他们的愿望。
好，说完他们的动机，就说说我为什么会如此推论南极大爆炸事件的过程。记得吗，在The End of Evangelion 里面，当九个量产型五号机拖着初号机组成生命之树时，伊吹比较十五年前和目前的资料时说：“怎么跟第二次冲击的情况一样﹖难道这就是第三次冲击的预兆﹖”因此，从第三次冲击中就可推测出第二次冲击是如何发生的。将第三次冲击中的“二号机”换成“夏娃”，“初号机”换成“亚当”，“量产型五号机”换成“巨大生命体”，这就成了第二次冲击的过程了。为什么会安排到她（伊吹）在生命之树刚组成时说这番话呢﹖其实，这是在暗示着在那之前的情况非常相似，在那之后就不一样了。
是ABSOLUTE TERROR FIELD的缩写。指使徒与EVA战斗时产生的防御罩，其防御力使人类的一切兵器都无法发挥效用。可直译为“绝对恐怖的领域”（简称“绝对领域”）第十七使徒渚薰对其解释为“任何人也无法侵犯的神圣领域”、“心之光”、“在谁心里都存在的心之壁”。形成原因是空间相对位移，所以除了防御之外，也可作为攻击性武器来使用。
